Un ceppo ad alto contagio del virus che provoca il covid-19 è stato trovato nei sistemi fognari statunitensi, in California e Florida.
di Antonio Regalado
A partire da fine gennaio, i prelievi di acqua sporca delle condotte fognarie vicino a Los Angeles e fuori Orlando sono tra quelli in cui sono state rilevate mutazioni genetiche condivise da una cosiddetta variante britannica. Il ceppo britannico B.1.1.7, una forma mutata del coronavirus scoperta per la prima volta nel sud-est dell’Inghilterra a dicembre, non sembra resistere ai vaccini, ma si diffonde più facilmente e ha già preso il sopravvento in paesi come Israele, dove ora è responsabile dell’80 per cento dei casi. Alcuni ricercatori hanno avvertito che se la variante prendesse piede negli Stati Uniti, potrebbe diventare la forma dominante entro marzo.
I nuovi dati sulle acque reflue sono coerenti con altre stime secondo cui la variante sta aumentando la sua portata. Il 7 gennaio, la società Helix e i ricercatori della California hanno utilizzato i risultati dei test sui pazienti per stimare che la variante è ora responsabile dall’1 al 2 per cento dei casi negli Stati Uniti nel suo complesso e del 4 per cento in Florida, circa quattro volte la proporzione trovata in all’inizio di gennaio.
Nelle fogne di Altamonte Springs, vicino a Orlando, i test sulle acque reflue indicano che il 4 per cento dei contagiati ha la nuova variante. “Pensavo che sarebbe successo a Miami o in aree più grandi. Ma era un pio desiderio “, afferma Ed Torres, direttore dei lavori pubblici e dei servizi pubblici di Altamonte Springs, che sovrintende al programma di analisi delle acque reflue.
La diffusione locale
I test sulle fognature stanno ora fornendo un assaggio diretto di quante persone sono infettate dalla variante in alcune città. Torres afferma che un modello con cui lavora indica che più di 200 persone sono state infettate dalla variante solo nella sua regione di raccolta delle acque reflue, un esurbio di 77.500 persone.
I funzionari sanitari della Florida centrale hanno inizialmente attribuito i loro casi B.1.1.7 ai visitatori risultati positivi, ma i test delle fognature ad Altamonte indicano che la variante si sta diffondendo anche a livello locale. La Florida rimane in gran parte aperta agli affari, compresi i parchi a tema, che operano con l’uso di mascherine e distanze fisiche.
Secondo i CDC, solo 611 casi di B.1.1.7 sono stati confermati direttamente a livello nazionale tramite sequenziamento genetico dei campioni virali raccolti nei tamponi nasali dei pazienti, con molti dei positivi provenienti dalla California e dalla Florida. Poiché solo una piccola percentuale di tamponi ospedalieri viene utilizzata per stabilire quale forma di virus è presente, il numero reale di casi B.1.1.7 è certamente molto più grande.
Gli Stati Uniti hanno meno capacità di alcuni paesi europei di tracciare le varianti del virus perché i tamponi di prova non sono soggetti spesso a sequenziamento genomico completo, una situazione che alcuni esperti hanno paragonato al ” volare alla cieca ” di fronte a una pandemia mutevole. Secondo il “New York Times”, a gennaio circa 1,4 milioni di persone risultavano positive al coronavirus ogni sette giorni, ma meno di 3.000 di quei campioni clinici venivano sequenziati lettera per lettera, un passaggio che di solito è necessario per monitorare le mutazioni del virus.
La sorveglianza delle acque reflue
Le acque reflue offrono la possibilità di monitorare la variante in modo più ampio e a costi inferiori. Un solo litro di acqua sporca trasporta i resti dei virus versati nei servizi igienici da tutti coloro che condividono un sistema fognario, offrendo una lettura sulla salute di migliaia, addirittura milioni, di persone.
Dalla scorsa primavera, alcune città hanno utilizzato test molecolari sulle acque reflue come sistema di allarme precoce, poiché la quantità di coronavirus nelle acque reflue può prevedere quante persone si presenteranno negli ospedali da una settimana a 10 giorni dopo. Il motivo per cui i risultati delle acque reflue aumentano o diminuiscono prima dei numeri ufficiali dei casi è che le persone sembrano iniziare a diffondere il virus nei bagni un giorno o due prima di sentirsi male, e spesso ci vuole ancora più tempo per ricevere un risultato del test.
“Nelle acque reflue si potevano vedere il picco post-Ringraziamento e il boom post-natalizio”, dice Raul Gonzalez, che esegue i test per un’azienda pubblica a Virginia Beach. Su COVIDPoops19, gestito dall’Università della California, Merced, tiene traccia delle letture di oltre 1.000 siti in 47 paesi. Gli esperti di test affermano che il virus o i frammenti di virus nelle acque reflue non sono vivi o pericolosi.
I risultati iniziali
I test sulle acque reflue utilizzano una versione sensibile della PCR, la tecnologia impiegata nei test ospedalieri. Chiamata PCR digitale, viene anche impiegata nelle cosiddette biopsie liquide per individuare i segni di cancro in un prelievo di sangue. Quando a dicembre sono emerse le prime segnalazioni della variante B.1.1.7, GT Molecular, un’azienda di Fort Collins, in Colorado, è stata la prima a riformattare il suo test sulle acque reflue per cercare la variante. Ciò comporta il controllo delle acque reflue per due mutazioni caratteristiche del ceppo B.1.1.7.
“Misuriamo la quantità di virus che ha la sequenza parentale e la quantità di virus con le sequenze mutanti”, afferma Rose Nash, direttore della ricerca e sviluppo presso l’azienda. “La maggior parte dei campioni non sta risultando positiva, ma quello che vediamo tra i campioni che tornano positivi è la presenza di circa il 5 per cento dei livelli della variante. Ci aspettiamo che aumenti”.
Poiché il test delle acque reflue è stato utilizzato solo per poche settimane, è troppo presto per dire sulla base di tale prova se i livelli delle varianti stiano aumentando o diminuendo. “Non esiste ancora una tendenza distinta nella variante”, afferma Mike Shaffer, che gestisce i dati per Oxnard, California, una città balneare a nord-ovest di LA, che ha trovato bassi livelli della variante a gennaio.
Shaffer dice che vuole anche confermare che il test stia davvero trovando la variante britannica, non un ceppo simile, e dice che i campioni di fogna di Oxnard sono stati inviati alla Stanford University per il sequenziamento. Christopher McKee, CEO di GT Molecular, concorda sul fatto che la scienza alla base del test della variante “è ancora allo stadio iniziale”.
Secondo GT Molecular, molti altri distretti in California e Florida hanno risultati positivi, ma non li hanno comunicati. Per Torres è un modo di procedere assurdo perché i dati devono essere trasmessi a persone che possono fare qualcosa al riguardo. Finora, tuttavia, la notizia della presenza della variante non ha portato a nessun cambiamento di rilievo nelle misure di ordine pubblico. Al momento, non esiste un piano nazionale per affrontare la minaccia che la variante si diffonda rapidamente e faccia aumentare il numero dei casi.
Robert Levin, l’ufficiale della sanità pubblica della contea di Ventura, dove si trova Oxnard, ha presentato i risultati delle analisi delle acque reflue a una riunione di un consiglio di sorveglianza la scorsa settimana. “Hanno trovato una piccola quantità delle varianti che sono considerate iper-trasmissibili”, ha detto Levin, “ma l’impatto che questo avrà sulla nostra contea nonè ancora prevedibile”.
Immagine: Una veduta aerea della East Bay Municipal Utility District, un impianto di trattamento delle acque reflue a Oakland, in California. Justin Sullivan / Getty Images
(rp)
