Genomnia, società che si occupa di servizi di sequenziamento massivo e analisi bioinformatica, ha dato il suo contributo alla lotta al Covid-19 utilizzando il sequenziamento come strumento di analisi di repertori anticorpali e del sistema immunitario.
di Fonte OpenZone
In collaborazione con l’AUOP di Pisa (Unità operativa di Virologia e Unità operativa di Malattie infettive), il Laboratorio di Biologia della Scuola Normale e la Fondazione EBRI Rita Levi-Montalcini di Roma, Genomia ha implementato un protocollo di sequenziamento e analisi NGS per l’immunoprofilazione di librerie SPLINT e PHAGE display di anticorpi a partire da plasma di pazienti guariti dal Covid-19.
Queste librerie di anticorpi “displayed” rappresentano un metodo per immortalizzare e riprodurre gli anticorpi neutralizzanti contenuti nel siero dei pazienti convalescenti in maniera illimitata.
Tradizionalmente, le librerie di anticorpi “displayed” venivano analizzate mediante l’isolamento di 102-103 cloni con il sequenziamento Sanger. Anche se questo approccio permette di identificare i cloni dominanti dopo la selezione, i dati ottenuti con questo procedimento rappresentano solo un’istantanea limitata della diversità effettiva della libreria. Al contario, attraverso il sequenziamento NGS si può avere una visione molto più ampia del numero di clonotipi presenti nella libreria, analizzando fino a 107 sequenze.
Per caratterizzare le librerie SPLINT e PHAGE DISPLAY, e comparare fra di loro i repertori anticorpali dei diversi pazienti, Genomnia ha messo a punto procedure analitiche tipo “repertoire fingerprinting”, creando un workflow che può essere utilizzato sia per il controllo di librerie di anticorpi che per la caratterizzazione immunitaria dei pazienti donatori.
Queste analisi portano a un’accurata identificazione del numero di clonotipi presenti e le relative sequenze minimizzando il bias dovuto a errori di sequenziamento grazie anche all’utilizzo di barcodes molecolari.
Questa applicazione è affiancata da una serie di soluzioni integrate che, utilizzando la piattaforma Ion Torrent System e, ad esempio, il kit commerciale Oncomine™ Immune Response Research Assay, permettono l’identificazione di potenziali biomarker immunitari predittori del rischio di sviluppo di patologie gravi.
Genomnia è una realtà dinamica e all’avanguardia che dal 2008 si dedica ad attività altamente specializzate basate sulla tecnologia di Next Generation Sequencing Ion Torrent.
(lo)
